Pertunmaan kirkon paikalla oli vuodesta 1907 alkaen rukoushuone, talonpoika Markus Pulierin (1837-1915) elämäntyö. Rukoushuoneessa Mäntyharjun papit kävivät toimittamassa jumalanpalveluksia ja pitämässä rippikoulua.

Hartolan, Joutsan ja Mäntyharjun laita-alueista muodostettu Pertunmaan seurakunta itsenäistyi vuonna 1926 ja tuolloin heräsi tarve saada oma kirkko. Hartolan seurakunta lahjoitti pertunmaalaisille vanhan 1600-luvun puukirkkonsa sen jäätyä tarpeettomaksi, kun uusi kivikirkko valmistui 1913. Vanha kirkko seisoi paikallaan Hartolassa kuitenkin kymmenisen vuotta, kunnes Pertunmaan seurakunta esitti sen myymistä joko Itä-Hämeen museoksi tai Pertunmaan kunnalle kunnalliskodiksi. Tekipä Pertunmaan kirkkoneuvosto Hartolan seurakunnalle tarjouksen, jossa esitettiin lahjoittajalle kirkkoa ostettavaksi 50 000 mk:sta. Hartolalaisten mielestä kirkko ei ollut kauppatavaraa ja he ehdottivat kirkon purkamista ja sen käyttämistä yksinomaan Pertunmaan kirkon rakentamiseen. Niin vanha puukirkko purettiin ja siirrettiin hevosilla Pertunmaalle syystalvella 1927  ja pystytettiin uudelleen vanhan rukoushuoneen laajennukseksi. Näin muodostunut Pertunmaan kirkko vihittiin käyttöön vuonna 1928.

Istumapaikkoja Pertunmaan kirkossa on noin 500. Kirkon alttaritaulun on maalannut vuonna 1936 hartolalainen tilanomistaja Albert Carlson. Taulun aiheena on ”Jeesus siunaa lapsia” Mk. 10:13-16. Kirkon kaksi kelloa olivat alun perin Mikkelin venäläisessä sotilaskirkossa. Suomen itsenäistyttyä kellot siirtyivät valtiolle, jolta seurakunta ne lunasti. Saarnatuoli on 1600-luvulta. Järjestyksessä toiset urut valmisti vuonna 1982 Urkurakentamo Tuomi. Niissä on 15 äänikertaa.

Kirkon välittömässä läheisyydessä on 158 sankarihautaa. Sankaripatsaan, samoin kuin Karjalaan jääneiden vainajien muistomerkin on tehnyt kuvanveistäjä Veikko Leppänen.

Kirkko peruskorjattiin vuonna 1998.